跨縣建筑服務發票使用規定操作不便。建筑企業對工程項目的內部管理主要采取內部承包方式，即建筑企業將工程項目分包給項目經理，分散在各地的項目部并不是獨立經營的主體，建筑企業仍是承擔民事法律責任的主體。營業稅下，一般由項目部向項目所在地地稅機關申請代開發票。營改增試點政策規定，建筑企業跨縣（市、區）提供建筑服務，應由企業機構所在地國稅機關開出外出經營許可證，到項目所在地國稅機關辦理報驗登記，但增值稅發票只能向機構所在地領用和開具（小規模納稅人代開專用發票除外）。與營改增前相比，增值稅發票開具方式變化較大，建筑企業難以適應，實際操作中將面臨一些突出問題，如建筑行業農民就業比例高，一旦發生未及時開票導致無法結算工程款，或者建筑企業以此為借口不及時發放農民工工資，極易引發群體事件，而建筑工程所在地國稅機關雖然處在矛盾焦點之中，卻無力解決問題。

    規范建筑企業的日常稅收管理難度大。會計核算健全，是增值稅政策對一般納稅人的基本要求。但受行業經營特點、營業稅管理模式等因素影響，營改增后建筑企業稅收管理難度大，主要體現在以下方面：一是建筑企業會計核算不規范的現象非常普遍，一些建筑企業基本不建賬，對許多建筑企業來說，營改增后規范會計核算可能要從頭起步，從零開始。二是國稅機關稅收監管手段有限。現行試點政策規定，跨縣（市、區）提供建筑服務，應向項目所在地國稅機關預繳一定比例的稅款，但發票只能在機構所在地國稅機關領用，會計核算資料自然也集中在建筑企業，對項目所在地國稅機關來說，很難實施有效的稅收監管。三是建筑行業運行模式轉型難度大。建筑行業管理不規范、運作模式不適應增值稅的要求，是業內外都認識到的實際問題。但是，商業模式的調整，絕非一朝一夕之事。在此過程中，如何做到既規范執行營改增試點政策規定，又妥善處理開票方式改變、不能及時結算工程款引發的民生（農民工）問題，是基層國稅機關面臨的巨大挑戰。

    對增值稅稅負特點的認識存在誤區。營業稅的稅率即稅負率，企業所屬的行業（服務）確定了，企業的稅負率也就確定了。但增值稅不同，企業的稅負率由當期銷項稅額和進項稅額兩個因素決定。實踐中，企業實現的銷項稅額與取得的進項稅額，往往會不同步，這一特點決定了短期內企業的稅負率并不客觀真實。如果建筑企業前期取得預收款較多，而購買材料、物資等相對滯后，工程建設前期很可能出現稅負率偏高的現象。一些建筑企業對增值稅稅負的特點認識不到位，如稅務機關不能及時準確做好宣傳解釋，容易引發一些本可避免的問題。